Галочка "Корректирующая кредит-нота" задумывалась для красного сторно по кредит-ноте.
Поэтому собственно аксапта делает так как было задумана - при обработке обычной закупки аксапта плюет на галку, при обработке кредит-ноты - сторнирует по красному
.