Ну для "подумать" может поможет обсуждение (правда там не совсем ваша проблема, но из текста можете понять почему у вас в записях остатоков есть ненулевые суммы при нулевом количестве):
Склад закрывается по складам. Физ.наличие по складам и партиям. Как добавить партию в расчет себестоимости?