Начнем с того, что Microsoft TS - это сильно обрубленный Хитрикс позапрошлой версии

Таковы уж условия кросс-лицензирования технологий между Microsoft и Citrix. Собственно, потому же Citrix без TS не работает. И лицензии нужно покупать на рабочие места обоих пакетов.
Второе - запуск приложения по командной строке в настройках соединения TS и публикация приложения на ферме - совсем не одно и то же. Даже визуально - попробуйте минимизировать окно такого приложения, запущенного на TS... Окна опубликованных приложений Citrix действительно "seamless" - сворачиваются, максимизируются. Если канал позволяет использовать ту же разрядность цвета, что и на рабочем столе - вообще сложно догадаться, что приложение терминальное, пока поглубже куда-нибудь не залезешь.
Третье - протокол ICA существенно оптимальнее RDP. Мне приходилось вполне комфортно работать с приложением Citrix по модему со скоростью 33-36 кбит/с. C RDP на такой скорости работать просто невозможно.
Ну а четвертое - да, и по цене лицензий и по стоимости сопровождения, Citrix на сегодня пригоден только для крупных предприятий, когда речь идет о сотнях, а то и тысячах рабочих мест.
Кстати,
тут (правда, простенькое и несколько устаревшее) сравнение не только Citrix и MSTS, но и нескольких альтернативных продуктов.