Поскольку версия Ax не была указана, расскажу про 4ку.
Для 3ки нужен другой батничек. А так - принципы схожи.
MenuItemам SysFlush*** (а лучше их копиям) ставите свойство RunON: Server и запускаете.
Хотя лучше взять .bat файлик
del *.ali
del *.alc
del *.alt
rem del *.ahi - old Help
rem del *.khi - old Help
del *.aoi
del *.udb
del *.add
del *.adi
и при остановленном AOSе запустить. Он прибьет все "лишние" файлы с разнообразными индексами и кэшами. Что за файлы - можно посмотреть в здесь же - на форуме была тема про "соглашение по именованию файлов" или что-то вроде.
Потом выполнить переиндексацию AOT (правда, индекс AOT и так прибьется файликом, так что сервер перед запуском немного потормозит, пересоздавая), глобальную компиляцию, перестроить индексы, а потом, скорее всего

, заняться мониторингом блокировок/выявлением криво написанного кода .