Давайте различать сторно как исправительную операцию, и сторно как просто проводку по ГК с минусом (которая кстати может и без исправительной операции делаться). Та галочка про которую вы говорите - относится только к знаку проводок по ГК. Понятия исправительной операции, в Аксапте (по крайней мере - в западной) в общем случае нету.
А операцию Д Потр -500 - К Потр -500 трактовать просто не надо
Если вы воспользуетесь моим советом и СНАЧАЛА отсторнируете накладные расходы (разнеся накладные расходы по накладной с минусом), а ЗАТЕМ отсторнируете исходную накладную с восстановленой исходной себестоимостью, то такой проводки просто не возникнет...
Кстати - тоже интересный момент. Вы сами пишете что разноска исходной накладной и разноска накладных расходов проходят разными операциями. Почему тогда вам кажется более логичным что эти две отдельные операции (возможно даже с разными датами и в разных периодах) будут отсторнированы одной исправительной операцией ?
P.S. Кстати - признак сторнирования по складу локализаторы относительно недавно приделали...