Ничто не мешает держать одновременно несколько версий Framework, не нужно ничего переписывать под 4.0
AX 2009 прекрасно использует сборки из 3.5-й версии, достаточно того, чтобы она была установлена и нужные сборки были добавлена в references, тут
XML
есть пример использования XLINQ из версии 3.5