Установка тайм-аутов не помогла
Откопал на форуме вот эту тему
Ошибка при изменении подразделения
Действительно были ошибки с чисткой таблиц, пригодилось ещё вот это КБ
http://support.microsoft.com/kb/921391
Пока подразделения меняются нормально, посмотрим что будет дальше.