Ладно, поскольку дискуссия с Logger перешла в эту ветку, пожалуй продолжу здесь.
Во первых, в версии 2009 этот метод (adjustAmount) изрядно подоптимизировали. Во вторых - он ничего такого не делает

Логика достаточно простая:
- Он считает сумму в исходной валюте по каждому коду налога по документу (в реальности там группировка сложнее, но в первом приближении это только код налога)
- Он пересчитывает каждую строку налога в taxTmpWorkTrans - тупым перемножением суммы в валюте на курс. Данная операция выполняется для каждой строки отдельно ( а каждая строка в первом приближении - равно строке закупки или заказа - если у вас только НДС).
- Сумма в исходной валюте по каждому коду документа пересчитывается по новому курсу в валюту учета. Затем новая сумма размазывается по каждой строке с данным кодом.
- Данный метод вызывается только один раз.
На самом деле, сложность вычисления равна, грубо говоря n*3, где n-число строк в документе. (Один раз пробежались по n строкам чтобы посчитать суммы по кодам налогов, потом пробежались чтобы пересчитать суммы налога, потом еще раз пробежались чтобы скорректировать).
Однако есть одна загводка: Как известно, временные таблицы хранятся в памяти только если их размер не превышает 128 КБайт. Если размер превысил эту величину, то AOS выгружает их во временный файл, запросами и доступом к которому занимается сам AOS. А внутренний процессор запросов в AOS не быстрый и не оптимизировали его с прошлого столетия, вероятно он часто в fullscan скатывается

Размер одной записи в tmpTaxWorkTrans в стандартной конфигурации, составляет 793 байта. Получается что где-то после 160 строк в заказе/закупке, данные из таблицы выгружаются на диск и начинают страшно тормозить в запросах.
Если в новой версии (2012) tmpTaxWorkTrans переделали в SQL-ную временную таблицу, это должно заметно ускорить процесс. Также можно надеятся, что в 64битной версии сервера (а мне кажется 32битной и не будет) наконец-то отменили ограничение в 128 Кбайт под временную таблицу в памяти и теперь таблица будет храниться в памяти пока таковая имеется.