В 2009-ой всё делается в одной транзакции...
В 4-ке, не знаю, далеко смотреть...

Проверьте, это не сложно.
Своей кастомизации точно нет?
Если с этим всё нормально, то, возможно крэш был на уровне СУБД?
Что за она у вас?
По поводу исправления ситуации - похоже придётся вызывать программиста, вычистить проводки. Наличие то уже поплыло и, насколько я понимаю, удалить строку просто так не даст.