Если ограничения только административные, то вы очень рискуете попасть в ситуацию, когда про них кто-то случайно забудет, а вам ночью в пятницу перед закрытием нужно будет срочно найти, откуда ошибка появилась.
Ну а чем ваши собственные поля могут помешать Аксапте, я не знаю. Вы ведь логику под них переписывать не собираетесь. Они в большей степени просто информационные будут. Так что, не думаю, что это чему-то может сильно помешать. В целом, модификация, вроде бы, совсем не сложная.