При чем тут папка со временными файлами винды?
Скорее всего эти файлы там остались со времени установки или изменения установки, и вряд ли принимают какое либо участие в работе сайта.
С таким же успехом можно было найти эти файлы в RECYCLE.BIN и добавить там нужные строки.
А потом очистить корзину для _применения_ настроек.
Вообще, смотреть где именно хранятся настройки и страницы конкретного сайта нужно смотреть в настройках IIS менеджера.
Как я уже писал, это находится в свойствах узла вебсайта.
Там же задаются пользователь от имено которого будет производиться запуск бизнес-коннектора.
Если возникнут проблемы с определением местонахождения папок вебсайта.
То в ответ нужно перечислить все вебузлы что есть в IIS менеджере,
а так же application pools (пулы приложения?).