ну вот что могу предложить:
сделайте экспорт данных компании из текущей инсталляции.
скопируйте файлы usr слоя в папку. Установите аксапту с нуля. Убедитесь что все работает. Перепишите usr слой(Как вариант импортируйте ваши проекты, если вы их вообще создавали). Удалите индексные файлы, проверьте и согласуйте возможные пересечения ваших модификаций и модификаций sp2. Перекомпилируйте, синхронизуйте.
Импортируйте данные. Удачи
