есть тара как возвратная так и невозвратная
первая так и вторая учитывается на складе
-не возвратная тара может использоваться на предприятии для собственных нужд, при невозможности использования списывается в утиль
-возвратная тара возвращается поставщику
вопрос понятен - решается через модификацию, дело за малым

дело за четкой постановкой задачи
а как такой вариант - для тары ввести собственную номенклатурную группу (в приницпе это логично), и указать, что данная номенклатурная группа является тарой и при распределении накладных раходов исключать распределение по товарам входящим в данную номенклатурную группу?