Еще есть неплохой вариант:Если в модельной базе данных оттрункейтить таблицу SysXPPAssemblies, то AOS будет просто игнорировать все существующие сборки и при выполнении Full Compile, аккуратненько их перестроит. (Правда, часть ключевых сборок он перестраивает прямо при запуске). Так что не надо ничего удалять - они сами отваляются если попрыгать
Кстати, усечение таблицы происходит во много-много раз быстрее чем удаление кучи сборок с диска.