При обновлении перекрестных ссылок код приложения обходит AOT и дергает ядро, чтобы оно сгенерировало ссылки для соотв. узла. Затем код сбрасывает полученные результаты в таблицы перекрестных ссылок. "Зациклиться" оно по идее не должно, скорее всего, дело в том, что сброс результатов в таблицы (а он включает в себя и поиск в уже сгенерированных данных, см., скажем, \Data Dictionary\Tables\xRefNames\Methods\findOrInsert) идет слишком медленно. А еще при обновлении перекрестных ссылок AOS очень агрессивно кэширует объекты приложения в памяти и отъедает этой памяти до нескольких гигов. Так что, возможно, на хосте тестового AOS'а мало памяти, или база крутится на медленных винтах, или СУБД настроена неоптимально, или для СУБД мало памяти, или всё перечисленное в каких-то комбинациях. Помониторьте в СУБД обращения к xRef*-таблицам, а также использование памяти на хосте тестового AOS'а, посмотрите задержки, очереди ввода-вывода...
В нормальных условиях при достаточном количестве ресурсов и не очень сильно кастомизированном приложении перекрестные ссылки в AX 2009 успевают собраться за ночь, см. также опрос
Сколько времени у вас занимает сбор перекрестных ссылок по вашему приложению AX 4.0/2009?