у нас Ax3.0. реализовано с помощью большого числа "допилок" системы. Не самое лучше решение, но тем не менее, процессы компании поддерживает.
В общем, схема такова.
В Аксапте одна торговая компания и несколько производственных.
В торговой компании оформляется заказ от клиента. При обработке предложения по нему автоматически формируется пара Intercompany. В торговой компании - заказ у производственной, в производственной - закупка от торговой. Далее отпуск готовой продукции из производственной компании, прием продукции в торговой и отпуск товара клиенту.
Про 12 не знаю...