Если на магазинах стоит что-то типа 1С или ФинЭксперт, то RBO не подойдет, ибо он реплицирует обычно Navi в Navi.
Выход - файлами гоняться.
С SQL репликацией плотно не работал, что может вылезти не знаю. Но если будешь писать файловый обмен - намучаешься.