Хм................
Странная ситуация. После запуска периодической операции "Пополнение ячейки хранения" у меня создается транспортировка пополнения ячейки комплектации на 1 палету с товаром.
Проверте настройки:
1. Местоположение номенклатуры.
2. Пропуск для расходов.
3. Настройку ячеек.
Автоматически настроить пополнение для ячейки комплектации врядли удастся (имхо). В общем случае это не требуется.
У Вас скорее всего - частный случай. Так что за ним придется следить вручную.