Да не надо их после учета реплицировать
Что мешает восстановить неучтенный заказ и отправить во вторую базу или вообще не удалять заказы при учете?
Например, для заказов продажи нужно просто найти в 80-м кодъюните комментарий // Modify/delete sales header and sales lines и аккуратненько порыться в коде, который после комментария идет.