Сталкивался с этой проблемой. Искал ответ и нашел эту пустую тему годичной давности. Автору мой ответ конечно уже не нужен, но таким же "ищущим" пригодиться.
Проверте Группы времен, которые используются для расчета отпуска (больничных, среднего заработка). На вкладке "Коды времен" добавьте нужные таймы.