В общем случае - однозначно связать проводку расхода с проводкой прихода.
Насчет использования аналитики: может разделить по складам, товар который приходит извне и товар который приходит с другого склада? Или по ячейкам? Или по партиям
вобщем направление мысли понятно.
С партией нормально получается.