ну на определенный склад дать право я и сам не знаю

это уже где-то в области прав на уровне записи, наверно. Я вам хочу сказать вот что: если вы дадите им (тем кто занимается транзитным складом) права только на создание журналов перемещений + научите правильно с ними работать, то это уже и будет решение вашей проблемы.
Кстати, если вы дадите им право пользоваться только транзитным складом, то как они с него сделают перемещение на какой-то другой склад?