Вероятно это потому что оплачивается на заказ, а накладная (накладные) по заказу. А если поменять постановку со "статуса оплаты по заказу" на "статус оплаты по инвойсу", то оказывается что программировать в общем-то и нечего - см. remainAmountXXX методы на CustInvoiceJour
Проблема то с предоплатой, не с постоплатой. Инвойса еще нет.