А после этой корректировки, при закрытии склада себестоимость не будет уравниваться
Пусть господа консультанты поправят, но я не верю, что Аксапта отслеживает такие цепочки и корректирует себестоимость в конченой точке. В любом случае, настроек подобных нет.