Брейкпойнты эти у меня не отрабатывают и на двузвенке, которая запускается прекрасно.
Тогда хотя бы добавьте вывод диагностических сообщений, скажем, в файл (вот здесь описано, куда их можно добавить, чтобы отследить процесс запуска). Как вариант, попробуйте использовать Windows-аутентификацию для входа в Аксапту и посмотрите, виснет ли клиент при этом. В любом случае, если информация о новой пользовательской сессии появляется, значит, как минимум Аксапта начинает выполнять код приложения, и тогда, вероятнее всего, причина "зависания" кроется в коде приложения, а не во внешних факторах. К слову, вы можете отследить, какие модификации делались в приложении в тот период, когда начались такие зависания?