Я проверил описанный мною вариант с накладными расходами. Работает как и ожидалось. Накладные расходы красиво выводятся в ТОРГ-12 и счете-фактуре отдельной строкой с отрицательной суммой и без количества.
Тут (по крайней мере в DAX 3) есть одна засада со сторнированием такого заказа, нужно немного допилить.